Đầu năm 1947, trước tình hình mặt trận Huế “bị vỡ”, lực lượng cách mạng thiệt hại nặng nề, vùng giải phóng bị mất, tư tưởng một bộ phận nhân dân dao động, thiếu tin tưởng, Bí thư Tỉnh ủy Thừa Thiên Nguyễn Chí Thanh bình tĩnh nhìn nhận vấn đề, rút ra những điểm hạn chế, tìm giải pháp khắc phục khó khăn, “quyết không để tắt lâu tiếng súng kháng chiến”. Dưới sự chỉ đạo của đồng chí, cán bộ, đảng viên và bộ đội tích cực bám đất, bám dân, bám cơ sở, từng bước tạo nên bước chuyển mới cho phong trào chiến tranh du kích ở chiến trường Thừa Thiên với các chiến thắng Hộ Thành, Đất Đỏ, góp phần củng cố niềm tin, cổ vũ tinh thần đấu tranh của nhân dân.  

Để thống nhất lãnh đạo và phối hợp hành động của quân và dân 3 tỉnh Quảng Bình, Quảng Trị và Thừa Thiên, tháng 6/1947, Trung ương Đảng ra chỉ thị thành lập Phân khu Bình - Trị - Thiên và cử đồng chí Nguyễn Chí Thanh làm Bí thư Phân khu ủy. Với quan điểm: “Dân là cái vốn cách mạng quý nhất, quý hơn tất cả. Vì: Còn dân thì nước còn. Mất dân thì nước mất”, đồng chí đã cùng lãnh đạo, chỉ huy Phân khu đánh giá đúng tình hình, tăng cường chỉ đạo toàn Đảng bộ phải bám dân vùng sau lưng địch để gây dựng phong trào chiến tranh du kích, thực hiện phá tề, trừ gian, cải thiện dân sinh. Nhờ vậy, sau một thời gian tạm lắng, chiến trường Bình - Trị - Thiên nhanh chóng vươn lên trở thành một điển hình trong phong trào đấu tranh cách mạng của cả nước.

Đầu năm 1948, thực dân Pháp tăng cường thủ đoạn đánh phá, càn quét, tổ chức, duy trì hệ thống kìm kẹp, gây tổn thất nghiêm trọng cho phong trào cách mạng ở địa bàn Liên khu 4. Để tháo gỡ khó khăn, Trung ương Đảng quyết định giao đồng chí Nguyễn Chí Thanh giữ chức Bí thư Liên khu ủy Khu 4. Với những kinh nghiệm tích luỹ trong quá trình lãnh đạo phong trào kháng chiến ở Thừa Thiên, Bình - Trị - Thiên, những năm 1948-1950, đồng chí Nguyễn Chí Thanh đã vận dụng sáng tạo đường lối chủ trương của Đảng, cùng tập thể Liên khu ủy tiếp tục đẩy mạnh chiến tranh du kích, chiến tranh nhân dân, đưa “Bình - Trị - Thiên khói lửa” chuyển mình thành “Bình - Trị - Thiên quật khởi”, trở thành một chiến trường sôi động, có phong trào chiến tranh du kích phát triển mạnh mẽ, góp phần chia lửa, thu hút giam chân địch và tạo thế chiến lược cho chiến trường cả nước.  

Ghi nhận những nỗ lực cống hiến đó, Chủ tịch Hồ Chí Minh tặng danh hiệu “Vị tướng du kích” cho đồng chí Nguyễn Chí Thanh.

Để xây dựng Quân đội vững mạnh, đáp ứng yêu cầu ngày càng cao của cuộc kháng chiến chống thực dân Pháp, năm 1950, đồng chí Nguyễn Chí Thanh được điều động vào quân đội giữ chức Chủ nhiệm Tổng cục Chính trị Bộ Tổng Tư lệnh, Phó Bí thư Tổng Quân ủy.

Quán triệt phương châm xây dựng quân đội “chính trị trọng hơn quân sự” của Chủ tịch Hồ Chí Minh, đồng chí Nguyễn Chí Thanh khẳng định nguyên tắc cơ bản nhất trong việc xây dựng, chiến  đấu và trưởng thành của Quân đội: “Từ mục đích chiến đấu của quân đội đến tổ chức, kỷ luật, chiến thuật của quân đội đều phải phục tùng đường lối chính trị của Đảng”.

Năm 1960, khi miền Bắc vừa hoàn thành chủ trương hợp tác hóa nông nghiệp thì thiên tai, dịch bệnh làm lúa bị mất mùa, thu nhập kém khiến người dân phân vân không biết làm tập thể hơn hay cá thể hơn, tạo ra không khí vô cùng trầm lắng, có sự băn khoăn trong nhân dân. Trước tình hình đó, cuối năm 1960, Chủ tịch Hồ Chí Minh đã giao Đại tướng Nguyễn Chí Thanh giữ chức Trưởng ban Công tác Nông thôn Trung ương, để tìm điển hình, xốc dậy phong trào thi đua, đưa phong trào hợp tác hóa nông nghiệp tiến lên. Lần đầu tiên, một vị tướng cầm quân đánh giặc ngoại xâm chuyển sang đánh “giặc đói, giặc dốt”. 

Đảm nhiệm cương vị lãnh đạo cao nhất của một ngành kinh tế trọng yếu của đất nước, Đại tướng Nguyễn Chí Thanh đã “bám ruộng, lội đồng” nắm bắt tình hình, khiêm tốn lắng nghe, tham khảo ý kiến các nhà khoa học. Trên cơ sở đó, Đại tướng Nguyễn Chí Thanh đề ra những biện pháp mới trong sản xuất nông nghiệp, như tập trung thâm canh, áp dụng khoa học kỹ thuật, duy trì và mở rộng diện tích canh tác, chỉ đạo phá “Xiềng ba sào”, phát động phong trào thi đua “Gió Đại Phong”, “Đuổi kịp mức sống trung nông”, “Làm thủy lợi hai năm”… thúc đẩy kinh tế nông thôn có những chuyển biến mạnh mẽ, góp phần quan trọng xây dựng hậu phương chiến lược miền Bắc vững mạnh, kịp thời chi viện cho chiến trường miền Nam.

Tuy chỉ gắn bó với mặt trận nông nghiệp một thời gian ngắn nhưng đồng chí Nguyễn Chí Thanh đã để lại nhiều ấn tượng sâu sắc không chỉ trong tư duy, ý thức mà cả trong hành động cách mạng, trong xây dựng phong trào, trong đánh giặc và sản xuất, được nhân dân gọi trìu mến là “Đại tướng nông dân”.

Đầu năm 1965, Trung ương Đảng, Bộ Chính trị quyết định điều động Đại tướng Nguyễn Chí Thanh vào miền Nam, đảm nhiệm cương vị Bí thư Trung ương Cục miền Nam, kiêm Chính ủy các lực lượng vũ trang Giải phóng miền Nam, trực tiếp chỉ đạo cuộc kháng chiến chống Mỹ, cứu nước.

Chuyển từ chiến lược “Chiến tranh đặc biệt” sang chiến lược “Chiến tranh cục bộ”, đế quốc Mỹ đưa quân viễn chinh Mỹ và quân các nước đồng minh ồ ạt vào miền Nam. Đối tượng tác chiến mới là quân đội viễn chinh Mỹ, được trang bị vũ khí, phương tiện hiện đại đã làm xuất hiện tâm lý “ngại Mỹ, sợ Mỹ” trong một bộ phận quân và dân miền Nam. Trước tình hình nêu trên, Đại tướng Nguyễn Chí Thanh khẳng định quân và dân ta hoàn toàn có đủ sức mạnh của chiến tranh nhân dân để “không sợ Mỹ, dám đánh Mỹ, quyết thắng Mỹ” .

Đồng chí Nguyễn Chí Thanh đã cùng Trung ương Cục miền Nam, Quân ủy và Bộ Chỉ huy Miền tập trung lãnh đạo, chỉ đạo xây dựng những “quả đấm chủ lực”; bố trí thế trận chiến tranh nhân dân ngày càng vững chắc; kết hợp tác chiến du kích với tác chiến chính quy, giáng những đòn phủ đầu quyết liệt và giành thắng lợi vang dội ở Núi Thành (tháng 5/1965), Vạn Tường (tháng 8/1965), tiếp đó là các trận Plei Me - Ia Đrăng (tháng 10 - 11/1965), Đất Cuốc, Bàu Bàng (tháng 11/1965)..., thổi bùng khí thế, quyết tâm “đánh Mỹ, thắng Mỹ” trong quân và dân miền Nam.

Từ thực tiễn chiến đấu phong phú của các đơn vị và địa phương trên toàn Miền, với tư duy biện chứng, sắc sảo, Đại tướng đã tổng kết thành phương châm, nghệ thuật tác chiến đặc sắc của Quân đội nhân dân Việt Nam, đồng thời là khẩu hiệu cách mạng nổi tiếng “Nắm thắt lưng địch mà đánh”. Từ các phương thức “ở gần đánh gần”, “căng địch ra mà đánh”, “đánh Mỹ ngay tại căn cứ của chúng”… đã xuất hiện hàng loạt “Vành đai diệt Mỹ” áp sát các căn cứ quân sự Mỹ trên khắp các chiến trường, như: Hòa Vang, Chu Lai (Quân khu 5), An Khê, Pleiku (Tây Nguyên), Củ Chi, Bến Cát (Đông Nam Bộ)… thực hiện vây hãm, tiêu hao, tiêu diệt quân Mỹ.

Thắng lợi giòn giã liên tiếp của quân và dân miền Nam trong các chiến dịch đánh bại hai cuộc phản công chiến lược mùa khô (1965 - 1966) và (1966 - 1967) của đế quốc Mỹ tiếp tục khẳng định những phương thức tác chiến mới là hoàn toàn phù hợp, đạt hiệu quả cao, tạo ra tiền đề vững chắc để tiến lên đánh bại hoàn toàn chiến lược “Chiến tranh cục bộ” của đế quốc Mỹ.

Trong hơn 30 năm hoạt động cách mạng, Đại tướng Nguyễn Chí Thanh đã có mặt ở những nơi khó khăn, gian khổ nhất; hy sinh, phấn đấu trọn đời cho lý tưởng của Đảng; một lòng phụng sự cho sự nghiệp đấu tranh giải phóng dân tộc. Đồng chí đã tỏ rõ phẩm chất của một vị tướng tài, thao lược của Quân đội nhân dân Việt Nam, một cán bộ lãnh đạo gương mẫu, giàu nghị lực và bản lĩnh; một tấm gương sáng ngời của người cộng sản. Những di sản quý giá chứa đựng giá trị lý luận và thực tiễn sâu sắc của đồng chí Nguyễn Chí Thanh tiếp tục được nghiên cứu, vận dụng sáng tạo trong giai đoạn quyết định của cuộc kháng chiến chống Mỹ, cứu nước cũng như trong sự nghiệp xây dựng Quân đội, củng cố quốc phòng, bảo vệ Tổ quốc trong thời kỳ mới.

Những cống hiến xuất sắc của Đại tướng Nguyễn Chí Thanh được Ban Chấp hành Trung ương Đảng ghi nhận: “Đồng chí Nguyễn Chí Thanh đã có công lớn trong việc củng cố sự lãnh đạo của Đảng đối với quân đội, xây dựng quân đội về chính trị, tư tưởng và tổ chức, bồi dưỡng và phát huy bản chất cách mạng của quân đội ta, xây dựng nền nếp công tác chính trị, nâng cao nhanh chóng sức chiến đấu của các lực lượng vũ trang nhân dân. Đồng chí đã thường xuyên chăm lo giáo dục, rèn luyện một đội ngũ cán bộ vững mạnh, đáp ứng yêu cầu của nhiệm vụ cách mạng ngày càng tăng”.