Theo Hiến chương, Liên hợp quốc gồm 6 cơ quan chính là:

Đại hội đồng Liên hợp quốc: là cơ quan thảo luận và hoạch định chính sách mang tính đại diện bao trùm nhất của Liên hợp quốc, gồm tất cả 193 quốc gia thành viên. Vào tháng 9 hằng năm, các nguyên thủ và lãnh đạo các quốc gia thành viên Liên hợp quốc họp tại trụ sở Liên hợp quốc ở New York (Hoa Kỳ) để tham gia phiên thảo luận của Khóa họp hằng năm Đại hội đồng Liên hợp quốc. Các thành viên Đại hội đồng đều bình đẳng, không phân biệt quốc gia lớn hay nhỏ, mỗi quỗc gia thành viên đều được một phiếu bầu. Hằng năm, Đại hội đồng bầu ra Chủ tịch các khóa họp thường niên với nhiệm kỳ một năm.

Hội đồng Bảo an: có trách nhiệm chính là gìn giữ hòa bình và an ninh quốc tế. Hội đồng Bảo an có 15 Ủy viên, trong đó có 5 Ủy viên thường trực (gồm Mỹ, Nga, Trung Quốc, Anh, Pháp) và 10 Ủy viên không thường trực được bầu đại diện cho các nhóm khu vực. Mỗi ủy viên đều có một phiếu bầu. Theo Hiến chương, Hội đồng Bảo an có thể áp dụng các biện pháp nhằm giải quyết hòa bình các tranh chấp, xung đột và khi cần thiết, có thể sử dụng các biện pháp, kể cả trừng phát, cưỡng chế và vũ lực, nhằm loại trừ các mối đe dọa, phá hoại hòa bình, hoặc các hành động xâm lược. Các quyết định và nghị quyết của Hội đồng Bảo an khi đã được thông qua đều mang tính chất ràng buộc và tất cả các thành viên của Liên hợp quốc đều có trách nhiệm phải tôn trọng và thi hành. Chức Chủ tịch Hội đồng Bảo an được luân phiên giữa các nước ủy viên theo từng tháng.

Hội đồng Kinh tế-Xã hội (ECOSOC): là cơ quan soạn thảo và điều phối các chính sách thúc đẩy hợp tác quốc tế trong các lĩnh vực kinh tế, xã hội và nhân quyền của Liên hợp quốc, và được đặt dưới quyền của Đại hội đồng Liên hợp quốc. Phần lớn các nghị quyết và quyết định của Đại hội đồng về kinh tế, xã hội, nhân quyền và nhân đạo đều bắt nguồn từ các khuyến nghị do ECOSOC trình lên. Hội đồng Kinh tế-Xã hội có 54 thành viên do Đại hội đồng bầu ra với nhiệm kỳ ba năm. Đây cũng là diễn đàn chính của Liên hợp quốc để thảo luận, đánh giá và đưa ra những ý tưởng, sáng kiến thúc đẩy triển khai mục tiêu phát triển bền vững.

Hội đồng Quản thác: được thành lập theo Chương XIII của Hiến chương Liên hợp quốc có nhiệm vụ giám sát quốc tế đối với 11 vùng lãnh thổ quản thác được đặt trong hệ thống theo các thoả thuận riêng với quốc gia quản lý các vùng lãnh thổ này. Đến năm 1994, tất cả các vùng lãnh thổ quản thác này đã trở thành các vùng tự trị hoặc giành được độc lập.

Toà án Quốc tế: là cơ quan pháp lý chính của Liên hợp quốc và có trụ sở ở La Hay (Hà Lan). Chức năng chính của Tòa án Quốc tế là giải quyết bằng biện pháp hoà bình các tranh chấp quốc tế, các vụ kiện do các quốc gia đưa lên phù hợp với luật pháp quốc tế. Mục tiêu của tòa án là áp dụng các tập quán quốc tế để thiết lập các quy tắc được các quốc gia liên quan chính thức công nhận, các thông lệ quốc tế được chấp nhận như luật, các nguyên tắc chung của luật pháp quốc tế được các quốc gia công nhận, các phán quyết của các tòa án… Tòa án cũng khuyến nghị Đại hội đồng, Hội đồng Bảo an về lĩnh vực luật pháp, các vấn đề luật pháp nổi lên trong phạm vi hoạt động của các cơ quan này.

Ban Thư ký: gồm một Tổng Thư ký và các nhân viên giải quyết các công việc hàng ngày của Liên hợp quốc. Tổng Thư ký là viên chức quản lý cao nhất của tổ chức này, do Đại hội đồng Liên hợp quốc bổ nhiệm theo kiến nghị của Hội đồng Bảo an với nhiệm kỳ 5 năm. Kể từ khi thành lập năm 1945 đến nay, Liên hợp quốc đã có 9 vị Tổng Thư ký, hiện là Tổng Thư ký Antonio Guterres (tháng 1/2017).

Ngoài ra trong hệ thống Liên hợp quốc còn có rất nhiều các chương trình, quỹ, cơ quan chuyên môn với bộ máy và ngân sách riêng. Các chương trình và quỹ có ngân sách hoạt động được lấy từ nguồn đóng góp tự nguyện, các cơ quan chuyên môn có ngân sách từ nguồn đóng góp tự nguyện và đóng góp theo phân bổ hằng năm.

Các quỹ và chương trình: Chương trình Phát triển Liên hợp quốc (UNDP), Chương trình Môi trường Liên hợp quốc (UNEP), Quỹ Dân số Liên hợp quốc (UNFPA), UN-Habitat, Quỹ Nhi đồng Liên hợp quốc (UNICEF), Chương trình Lương thực Liên hợp quốc (WFP).

Các cơ quan chuyên môn: Tổ chức Lương thực và Nông nghiệp Liên hợp quốc (FAO), Tổ chức Hàng không quốc tế (ICAO), Quỹ Quốc tế về phát triển nông nghiệp (IFAD), Tổ chức Lao động quốc tế (ILO), Quỹ Tiền tệ quốc tế (IMF), Liên minh Viễn thông quốc tế (ITU), Tổ chức Văn hóa, Khoa học và Giáo dục Liên hợp quốc (UNESCO), Tổ chức Phát triển công nghiệp Liên hợp quốc (UNIDO), Tổ chức Du lịch thế giới (UNWTO), Liên minh Bưu chính quốc tế (UPU), Tổ chức Y tế thế giới (WHO), Tổ chức Sở hữu trí tuệ thế giới (WIPO), Tổ chức Khí tượng thế giới (WMO), Ngân hàng Thế giới (WB).