Mỗi thành viên thường trực và không thường trực có một lá phiếu, tuy nhiên, chỉ năm thành viên thường trực có quyền phủ quyết (veto). Theo thủ tục hoạt động tạm thời của Hội đồng Bảo an, các quyết định về các vấn đề mang tính thủ tục cần đạt tối thiểu 9/15 phiếu ủng hộ; các quyết định về các vấn đề thực chất cần đạt tối thiểu chín phiếu ủng hộ và không bị bất kỳ thành viên thường trực nào phủ quyết.

Quyền phủ quyết là điểm rất đặc trưng của Hội đồng Bảo an. Phủ quyết là việc một nước thành viên thường trực Hội đồng Bảo an có khả năng ngăn cản việc thông qua một nghị quyết không liên quan đến thủ tục bằng một phiếu chống của mình kể cả khi tất cả 14 nước thành viên còn lại bỏ phiếu tán thành. Chính điều này khiến Hội đồng Bảo an trong một số trường hợp khó đạt được thống nhất chung, do tính toán, ý định của năm nước Ủy viên thường trực không đồng nhất, thí dụ: tình hình liên quan tới cuộc chiến tại Syria.

Trên thực tế, nếu như một nước ủy viên thường trực không ủng hộ hoặc không muốn biểu thị sự ủng hộ của mình đối với một nghị quyết, đồng thời cũng không muốn ngăn cản việc thông qua nghị quyết, nước đó có thể bỏ phiếu trắng hoặc không tham gia bỏ phiếu, hành động này không bị coi là phủ quyết và nghị quyết vẫn được thông qua.